Löpande miljöövervakning av vatten sker lokalt och nationellt. Den lokala övervakningen sker i Torne & Kalix älvars vattenvårdsförbunds regi, en sammanslutning av kommuner och verksamhetsutövare i älvdalarna.

Provtagning sker 6 gånger/år i Muonio-, Vittangi-, Torne- och Kalix älv samt Luossajoki. I Kiruna kommun sköts provtagningen av Tekniska verken i Kiruna AB och i Kalix älv av LKAB. I övrigt sker löpande övervakning av Rakkurijoki av LKAB i form av deras recipientkontroll.

Regionalt löpande övervakning sker av Akkarjokk och Valkeajärvi i Länsstyrelsens regi. Nationellt under naturvårdsverket sker löpande övervakning av Abiskojokk, Pessisjokka, Latnajaure och Abiskojaure.
Mer om regional och nationell miljöövervakning finns på Länsstyrelsens hemsida.

Utöver den pågående löpande övervakningen finns äldre långa provtagningsserier, bland annat Kirunas referenssjöar Djupsjön och Kapperasjärvi.