Torneälven är riksintresse för naturvård samt friluftsliv och ingår i Natura 2000, ett EU-nätverk som bevarar skyddsvärd natur i Europa. Torneälven har ett högt skyddsvärde och det är viktigt att förhindra att älven förorenas.

Luossajoki mynnar i Torneälven vid Laxforsen, norr om samhället Jukkasjärvi. Sedimenten nedströms Luossajokis mynning vittnar om det senaste seklets metalltillförsel. Provtagningar i djupbassängen utanför Jukkasjärvi uppvisar mycket höga kvicksilverhalter drygt 15 cm ned i sedimentet. Detta kan kopplas ihop med LKAB:s tömning av södra Luossajärvi under 1940/50-talet, då en kraftig puls av metaller spreds nedströms Luossajoki.

Glädjande uppvisar ytsedimenten lägre kvicksilverhalter idag jämfört med 1993, dock är metallhalten fortfarande förhöjd jämfört med opåverkade delar av älven. Ytsedimenten i djupbassängen utanför Jukkasjärvi har måttligt förhöjda halter kvicksilver medan Kallojärvibassängen, uppströms Luossajoki, har inga förhöjda metallhalter.